Город Берлин возник из парного города Берлин—Кёлльн. Кёлльн (впервые упоминается в 1237 году) был расположен на острове на реке Шпрее, а Берлин (1244 году) напротив него, на восточном берегу. В 1307 году оба города были объединены и построили общую ратушу. По одной версии, наименование «Берлин» (немецкое «Bär» — медведь) не имеет ничего общего с медведем, изображённым на сегодняшнем гербе города. Скорее всего, это слово восходит к полабскому berl-/birl-, «болото». По другой версии, название происходит от славянского «бар» — медведь.
В 1415 году курфюрст Фридрих I основал маркграфство Бранденбург и правил в нём до 1440 года. С этого времени члены династии Гогенцоллернов правили в Берлине вплоть до 1918 года, сначала, как маркграфы земли Бранденбург, потом как короли пруссов и, наконец, как германские императоры (кайзеры).
Городские жители изменения власти приветствовали не всегда. Например, в 1448 году упоминаются городские волнения против строительства замка курфюрстом Фридрихом II «Железным». Однако этот протест не увенчался успехом и население лишилось многих экономических и политических свобод. В 1451 году Берлин был провозглашён городом-резиденцией бранденбургских маркграфов и курфюрстов и утратил свой статус свободного торгового города.
Тридцатилетняя война сильно сказалась на городе: была разрушена треть домов, город потерял половину жителей. Фридрих Вильгельм, известный как Великий курфюрст Брандербургский, в 1640 году принял правление от своего отца. Его политика характеризовалась стимулированием иммиграции и высокой степенью религиозной толерантности. Уже на второй год своего правления он основал пригороды Фридрихсвердер, Доротеенштадт и Фридрихштадт.
В 1701 году в результате коронации Фридриха I Берлин приобрёл статус столицы Пруссии, и через восемь лет последовало официальное объединение городов Берлин, Кельн, Фридрихсвердер, Доротеенштадт и Фридрихштадт. Хотя фактически эти пригороды уже давно считались частью Берлина.
9 октября 1760 г. в ходе Семилетней войны (1756—1763 годы) Берлин капитулировал перед русским корпусом под началом генерала графа З. Г. Чернышева. В плен было взято 4 500 солдат. В качестве трофеев русским досталось 143 орудия, 18 000 ружей и пистолетов и почти 2 миллиона талеров контрибуции. Символические ключи от Берлина, переданные городскими властями русскому генералу, сейчас хранятся в Казанском соборе Санкт-Петербурга. После четырех дней пребывания в Берлине, получив известие о подходе к городу крупных сил противника, Чернышев вывел свой корпус на зимние квартиры.
14 октября 1806 года в битве с наполеоновскими войсками при Йене и Ауэрштедте Пруссия потерпела сокрушительное поражение. Это привело к началу реформам, которые дали мощный толчок экономике и образованию. В ноябре 1806 г. французские войска вошли в Берлин. 21 ноября 1806 г. в Берлине Наполеон объявил континентальную блокаду Англии. А в феврале 1813 г. русские войска вторично заняли Берлин, преследуя остатки французской армии.
Берлин приобрёл новые пригороды, такие как Веддинг, Моабит, Темпельхоф, Шенеберг, и в 1871 году был провозглашён столицей образованного Германского рейха (империи). По окончании Первой мировой войны в 1918 году в городе была провозглашена германская республика. После захвата власти в 1933 году национал-социалистами Берлин стал столицей Третьего Рейха. Нацисты в пропагандистских целях организовали в 1936 году в Берлине всемирные летние олимпийские игры. Был создан генеральный план застройки города, с учётом его будущей роли всемирной столицы Германии, но эти планы были разрушены Второй мировой войной, после окончания которой большая часть Берлина была разрушена в результате многочисленных бомбардировок и уличных боёв 1945 года.
Во время войны и После захвата города Красной армией и полной и безоговорочной капитуляции Германии, Берлин, как и вся Германия, был разделён на 4 сектора под иностранным управлением. Секторы Западных союзников (США, Великобритания и Франция) были образованы в западной части города, а сектор Советского Союза — в восточной. В 1949 году образовались два германских государства: вначале ФРГ в западной части, а следом и ГДР на востоке. И в 1971 г. Было подписано Четырехстороннее соглашение по Берлину, регулирующее правовой статус разделенного города.
Берлинская стена пала только в 1989 году и Германия стала единой страной. В 1991 году бундестаг принял решение о переезде в Берлин и тем самым подвёл итог дискуссии о местонахождения правительства. 1 сентября 1999 года правительство и парламент начали свою работу уже в Берлине.
